我国古代历史上，每逢继承大统之时，都面临着派别站队，贵由称汗时也是一样，此时无论是谁称汗，都不会得到整个蒙古的支持，因为从成吉思汗传承下来时，就已经打破了“幼子守灶”传统旧制贵之族。而对于贵由的汗位最不服的也就是术赤之后和托雷之后。其母亲乃马真后所操纵的称制和“贿选”，都与蒙古民族的朴实背道而驰。

窝阔台的烂摊子自窝阔台即位时起，蒙古帝国的派系之争就已经开始了，蒙古的继承制度是“幼子守灶”制，而非汉人的“嫡长继承”制贵之族。但窝阔台既不属于幼子守灶，也不属于嫡长继承，成吉思汗的四个嫡子分别是长子术赤、次子察合台、三子窝阔台、四子拖雷。成吉思汗传位给窝阔台实际上是属于帝国的需要，在这四个儿子中，成吉思汗根据他们各自的才能分别予以重任，术赤掌狩猎；察合台掌法令；窝阔台主朝政；拖雷统军队。

托雷一直都是成吉思汗最喜欢的儿子，他也是一名杰出的军事家，但在成吉思汗晚年，蒙古帝国已经发展的相当巨大，成吉思汗很明白帝国需要一位政治家来巩固和发展，而不再是需要帝国之主来攻城掠地贵之族。因窝阔台的政治才能和治国能力更胜一筹，故而成吉思汗打破了蒙古的旧传统，立了窝阔台为继承人。即使在第六次征西夏的大帐内，奄奄一息的成吉思汗还不忘召集后人和大臣们，告诉他们窝阔台是他亲定的继承人，但这个遗命也成为蒙古帝国内部矛盾激化的开端。

蒙古各部落的贵族依旧重视传统的“库里勒台制度”，即各部落的民主选拔会议。窝阔台虽然受到成吉思汗的钦定，但在成吉思汗去世的两年内依旧没有当上蒙古大汗，而在汗位空缺的两年里，依旧是幼子拖雷监摄国政。直到1229年秋的库里台大会上，贵族们支持幼子拖雷称汗的呼声尚未间断，最终在经历了40多天的辩论后，窝阔台才费劲的登上汗位。而此时，托雷系和术赤系与窝阔台系的矛盾就已经产生，真正站在窝阔台系一边的就是察合台系。

“太宗尝有旨以皇孙失烈门为嗣。”——《元史》

窝阔台的汗位本身就已经产生了矛盾，失去了一些蒙古贵族的支持，到了贵由这里就更加激化了，更为尴尬的是窝阔台没有立长子贵由为继承人的意思。窝阔台更喜欢三子阔出，并表达了立储的意思，但阔出在1236年2月征南宋时阵亡，随后窝阔台又表达了要立阔出之子失烈门为继承人的意思，但还没来及立诏，窝阔台就去世了，这就彻底给继承大统留下了个烂摊子。

母后称制当窝阔台去世后，贵由尚在外征战，因此朝内局势非常危急，乃马真皇后是想立自己的亲儿子贵由为汗，于是找相国耶律楚材商议，但耶律楚材并不买乃马真皇后的账，他坚持要遵守窝阔台的遗愿立失烈门为汗。就在僵持不下的时候，乃马真心腹奥都剌合蛮建议先由皇后称制，待失烈门长大后再说，于是蒙古帝国的大权就落在了乃马真后的手上，这样才为贵由回归后的称汗打下了基础。

在母后称制期间，东道诸王中的铁木哥斡赤斤领兵至和林，欲发动兵变，好在贵由及时赶到叶密立（新疆额敏县），继而奔赴和林，斡赤斤退军而走。这里就已经暴露了东道诸王里对于窝阔台系的不满，而后乃马真后左右周璇，大肆收买贿赂宗王重臣，为贵由取得日后的支持打下基础。

1246年8月26日，乃马真后在一切准备就绪以后，召集诸王、贵族至和林召开库里台大会。这个会议就是为贵由准备的选举大会，此间术赤的儿子拔都因与贵由不和，也未到场，而此时的拔都可是蒙古“长子西征军”的统帅，地位相当高，这样的人物都拒绝参加，可见术赤系对于窝阔台系的间隙颇深。

贵由自身贵由本人应该说是黄金家族中的佼佼者，西征时立下汗马功劳，如果能够在继承汗位后好好干也是不错的。但贵由上任后，其母后乃马真任把持朝政，她虽有政治手段帮助儿子上位，却没有政治才能治理国家，滥行赏赐，法制废驰，造成了政令不一，矛盾重重的局面，政治已经日趋腐败，这一切混乱在蒙古人心中可不会归结于一个女人身上，而一定会怪到他们的大汗头上，因此贵由上任初期的口碑并不好。

“然自壬寅以来，法度不一，内外离心，而太宗之政衰矣。”——《元史》

乃马真还政于贵由后，依旧没有什么改变，贵由非但没有一改母后专政的混乱，反而大开府库，封赏帮其称汗的诸王、大臣。他虽战功赫赫，但体质并不强壮，手足又患拘挛病，作为大汗，上台之后也未注意身体，昼夜沉溺于酒色之中。因此在他执政的两年中，政局依旧“内外离心”，积重难返，成为一位失败的大汗。

综上所述，贵由之所以没有得到广泛的支持，是因为从其爷爷辈破坏旧制开始，就造成了蒙古内部的矛盾间隙，这种体制问题在日后的蒙哥称汗，忽必烈与阿里不哥争夺汗位中都有体现，成为蒙古汗位传承的一个毒瘤；其母亲乃马真后的称制和专权扰乱了蒙古内部局面，为贵由留下了不好的口碑，而当贵由执政时又没有展现出蒙古大汗该有的贤明，因此得不到更多的支持也在情理之中。